在衛生部、安徽省衛生部門支持下，安徽省阜陽市整合全市衛生資源，全力對感染腸道病毒ＥＶ７１的患兒開展救治，在全市范圍加強疾病防控措施。

阜陽市腸道病毒ＥＶ７１感染病情發生后，衛生部和安徽省委、省政府高度重視，衛生部先后派出１９名專家，安徽省衛生廳組織２２名病理和臨床等專業專家到阜陽進行調查處理和技術指導。阜陽市成立了以市長為組長防治工作領導小組，從全市醫療系統調配了精干人員和相關設備，組建專門救治醫護隊伍和危重癥患者救治組。安徽省衛生廳會同財政廳已向阜陽市緊急撥付１５０萬元專項經費，阜陽市財政也劃撥１２０萬元專項經費用于防治工作。

４月２０日晚，專家組研究制定了病例診療處置意見。４月２４日晚，根據病情發展情況，專家組對診療處置意見進行了修改完善，制定《腸道病毒ＥＶ７１感染診療處置意見（試行）》。市衛生局組織專家對死亡病例及時采集標本送檢，逐例進行現場流行病學調查，并對死亡患兒家庭密切接觸者和周圍群眾進行健康觀察，發現情況及時處理。

為加強疫情監測，阜陽市嚴格報告制度，提高預警能力，還對全市衛生行政管理人員、疾病預防控制人員和醫務人員等開展了傳染病防治知識的全員培訓，掌握防控關鍵技能，提高防控和處置能力。

為提高群眾的衛生防病知識水平、增強自我防范意識和能力，阜陽市加強信息通報和宣傳教育工作，全市廣泛開展春季愛國衛生運動，重點對學校、幼兒園、村莊的環境衛生、飲水、食品衛生等開展群眾性衛生活動，改善不良衛生習慣，消滅傳染源，切斷傳播途徑。