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按照預算管理有關規定，目前我國部門預算的編制實行綜合預算制度，即全部收入和支出都反映在預算中，國家發展和改革委員會機關、離退休干部局和31個委屬事業單位的收支均包含在部門預算中。
一、收入科目
（一）財政撥款收入：指中央財政當年撥付的資金。
（二）事業收入：指事業單位開展專業業務活動及輔助活動所取得的收入。
（三）事業單位經營收入：指事業單位在專業業務活動及其輔助活動之外開展非獨立核算經營活動取得的收入。
（四）其他收入：指除上述“財政撥款收入”、“事業收入”、“事業單位經營收入”等以外的收入。
（五）用事業基金彌補收支差額：指事業單位在預計用當年“財政撥款收入”、“事業收入”、“事業單位經營收入”、“其他收入”不足以安排當年支出的情況下，動用以前年度積累的事業基金（事業單位當年收支相抵后按國家規定提取、用于以后年度收支差額的基金）彌補本年度收支缺口的資金。
（六）上年結轉:指上年度尚未完成、結轉到本年仍按規定用途繼續使用的資金。
二、支出科目
（一）一般公共服務（類）發展與改革事務（款）：指國家發展改革委用于保障機構正常運行、開展發展與改革事務方面的支出。具體包括“行政運行”、“一般行政管理事務”、“機關服務”、“戰略規劃與實施”、“社會事業發展規劃”、“經濟體制改革研究”、“物價管理”、“事業運行”、“其他發展與改革事務支出”等9個項級支出科目。
1、行政運行：指保障國家發展改革委機關（不含離退休干部局，下同)正常運轉的基本支出。主要是人員經費和辦公費、會議費、差旅費、印刷費、水電費、辦公設備購置費等日常公用經費方面的支出。
2、一般行政管理事務：指國家發展改革委未單獨設置項級科目的其他項目支出。項目支出是指為完成特定的行政工作任務或事業發展目標，用于專項業務工作等方面的支出，如“國家發改委政務信息系統運行維護專項經費”。
3、機關服務：指為國家發展改革委機關提供后勤保障服務的機關服務中心的支出（含國家發展改革委機關在職和離退休人員醫療費支出）。
4、戰略規劃與實施：指擬定并組織實施國民經濟和社會發展戰略、中長期規劃和年度計劃，實施宏觀管理與調控等方面的支出。如“發展規劃項目經費”。
5、社會事業發展規劃：指社會事業發展規劃方面的支出。
6、經濟體制改革研究：指經濟體制改革與研究方面的支出。
7、物價管理：指物價管理方面的支出。
8、事業運行：指事業單位（不含機關服務中心，下同）用于保障機構正常運轉的基本支出。
9、其他發展與改革事務支出：指上述項目以外的其他發展與改革事務支出。如“機關計算機房節能改造項目”。
（二）外交（類）國際組織（款）：指國家發展改革委以我國政府或國家發展改革委名義參加國際組織，向國際組織的認捐支出以及按國際組織章程或協定規定繳納的會費。具體包括國際組織會費和國際組織捐贈2個項級支出科目。
1、國際組織會費：指國家發展改革委以我國政府或國家發展改革委名義參加國際組織，按照國際組織章程或協定規定繳納的會費支出。如“聯合國氣候變化公約組織秘書處會費”。
2、國際組織捐贈：指國家發展改革委以我國政府或國家發展改革委名義，向國際組織的認捐支出。如“聯合國LINK項目捐款”。
（三）科學技術（類）應用研究（款）：指國家發展改革委所屬科研單位在科學技術基礎研究成果上，針對某一特定的實際目的或目標進行的創造性研究工作的支出。具體包括“機構運行”、“社會公益研究”、“其他應用研究支出” 3個項級支出科目。
?1、機構運行：指國家發展改革委所屬科研單位的基本支出。
?2、社會公益研究：指國家發展改革委所屬科研單位從事衛生、勞動保護、計劃生育、環境科學、農業等社會公益專項科研方面的支出。
3、其他應用研究支出：指國家發展改革委所屬科研單位用于其他應用方面的支出。
（四）科學技術（類）科技條件與服務（款）：指國家發展改革委所屬科研單位用于完善科技條件及從事科技標準、計量和檢測、科技數據、種質資源、標本、基因的收集、加工處理和服務，科技文獻信息資源的采集、保存、加工和服務等為科技活動提供基礎性、通用性服務的支出。
科技條件專項：指國家發展改革委所屬科研單位用于完善科技條件的支出，包括科技文獻信息、網絡環境支撐等科技條件專項支出。
（五）科學技術（類）科技重大專項（款）：指國家發展改革委用于科技重大專項的支出。科技重大專項：指國家發展改革委用于科技重大專項的支出。
（六）科學技術（類）其他科學技術支出（款）：指國家發展改革委用于其他科學技術方面的支出。其他科學技術支出：指國家發展改革委用于其他科學技術方面的支出。
（七）社會保障和就業（類）行政事業單位離退休（款）：指國家發展改革委用于行政事業單位的離退休方面的支出。具體包括“歸口管理的行政單位離退休”、“事業單位離退休”、“離退人員管理機構”和“未歸口管理的行政單位離退休”4個項級支出科目。
1、歸口管理的行政單位離退休：指國家發展改革委離退休干部局統一管理的委機關離退休經費支出。
2、事業單位離退休：指國家發展改革委所屬事業單位歸口管理的離退休經費支出。
3、離退人員管理機構：指國家發展改革委離退休干部局管理機構的支出。
4、未歸口管理的行政單位離退休：指國家發展改革委離退休干部局未歸口管理的離退休人員支出。
（八）社會保障和就業（類）就業補助（款）：指國家發展改革委所屬事業單位用于就業方面的補助支出。
特定就業政策支出：指國家發展改革委所屬事業單位用于特定就業政策方面的支出。
（九）節能環保（類）能源節約利用（款）：指國家發展改革委用于能源節約利用方面的支出。
能源節約利用：指國家發展改革委用于能源節約利用方面的支出。
（十）住房保障支出（類）住房改革支出（款）：指國家發展改革委機關及委屬單位按照國家政策規定用于住房改革方面的支出。具體包括“住房公積金”、“提租補貼”和“購房補貼”3個項級支出科目。
1、住房公積金：指按照國家統一規定，按規定比例為職工繳納的住房公積金。
2、提租補貼：指按照《關于在京中央和國家機關行政事業單位提高房租增發補貼的通知》（國管房改字[1999]267號）規定向職工發放的租金補貼。
3、購房補貼：指按照國家房改政策規定，向無房職工、住房面積未達到規定標準的職工發放的住房補貼。
（十一）結轉下年：指以前年度預算安排、因客觀條件發生變化無法按原計劃實施，需延遲到以后年度按原規定用途繼續使用的資金。