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進入21世紀，世界主要發達國家為保持核心競爭力，競相制定以e-Science為標志的國家戰略，科研信息化得到迅猛發展。中科院為滿足知識創新工程的迫切需求，制定了“十一五”信息化發展規劃。主要工作可以概括為“三五三”，即優化三大環境、構建五大平臺、完善三大體系 ，初步建成互聯互通、安全便捷的數字化中國科學院。
三大環境為互聯網絡環境、超級計算環境、數據應用環境；五大平臺為網絡化運行管理平臺（ARP）、e-Science虛擬科研平臺、網絡化信息發布平臺、網絡化教育培訓平臺、網絡化科學傳播平臺；三大體系為信息化安全保障體系、信息化制度規范體系、信息化支撐服務體系。
目前中科院已基本完成“十一五”信息化發展和信息化建設項目的預定目標。形成覆蓋中科院的信息化基礎設施環境，支撐能力大幅提高，應用服務水平顯著提升，管理體系和隊伍建設得到加強，運維支持和信息安全得到保障，信息化意識和氛圍進一步增強。中科院信息化水平邁上了一個新臺階。突出成果和成功經驗如下：
一、以互聯網絡、超級計算和數據應用為核心，著力加強整體環境建設，大力提升應用和服務水平，信息化基礎設施能力有了大幅提高
1.完成互聯網絡環境建設，網絡傳輸和匯集能力顯著提升
中國科技網6條骨干信道已由原來的155M擴容至2.5G，國內總帶寬達8Gbps，國際公共互聯網出口帶寬達1522M。覆蓋中科院138個單位和100多家國家級科研機構，完成53個大科學工程和野外臺站的聯網，提供高質量的增值服務，形成高效、穩定、安全的網絡環境。為國家經濟社會發展需求和重大科研項目的高速數據傳輸提供了有力支持。
2.推進超級計算環境建設，計算和服務能力有了新的提高
初步建成由北京總中心、10個地區分中心和11個所級中心組成的超級計算環境三層架構，中科院超級計算能力有了大幅提升。北京總中心部署的深騰7000超級計算機系統運算速度達143萬億次，綜合應用水平居國內前列。成功構建聚合計算能力近3000萬億次的GPU超級計算系統，計算能力達國際先進水平，標志著我國在高性能計算應用領域取得重要進展。
初步實現科學網格計算和資源的統一管理，統一調度，統一服務。吸引國內外近百個科研機構申請使用。目前，超級計算環境已經為宇宙星系團的數值模擬等一大批國家和院重大項目的提供了大規模計算服務。
3.加強數據應用環境建設，支撐科技創新的效益日益明顯
建成存儲容量超過6PB海量存儲和備份系統，為30余家院內外用戶提供超過510TB 的海量存儲服務。基本建成了可公開共享的37個專業數據庫，2個參考型數據庫和4個專題型數據庫，形成8個主題庫整體框架及數據網格環境。在線數據訪問人次年平均達到400萬人次，此外，還實現科學數據集成在線服務和可視化應用。化學、空間科學、生命科學、人地系統科學數據網格投入使用為大規模網格應用提供了示范。