格魯派具有代表性的寺院有拉薩三大寺（甘丹寺、色拉寺、哲蚌寺）、日喀則的扎什倫布寺、青海的塔爾寺、甘肅的拉卜楞寺，拉薩三大寺是西藏最大的寺廟集團，也是西藏三大領主之一的寺廟主中最大的領主集團。三大寺廟是西藏政教合一的代表，也是宗教界的最高權力機構。

三大寺由“喇吉”、“扎倉”和“康村”三級管理機構組成。喇吉是全寺性的組織，扎倉是寺廟的中堅組織，康村是基層組織。喇吉的總領稱“堪布赤巴”。僧人入寺和學經修習制度

寺廟內真正能讀經的人為數不多，其余多從事雜務活動、建筑、刻經印經、繪畫雕塑、念咒、降神、打卦等。學經的僧人稱“貝恰娃”，所能考取的最高學位是“格西”。獲得格西資格的僧人可出任僧官、收授門徒，擔任寺廟里的職務等，還可以升入上密院或下密院休息密宗。

上、下密院是兩個對等的高級研習組織，比三大寺廟的密宗扎倉層次高。按規定，在上、下密院修習的喇嘛，可以逐級升為上、下密院的堪布，卸任后的堪布稱為“堪蘇”。上密院的堪蘇可以升補為甘丹寺夏孜扎倉的法尊“夏孜曲杰”（東峰法尊之意），下密院的堪蘇可以升補為甘丹寺絳孜扎倉曲杰（北峰法尊之意）。而宗喀巴法位“甘丹赤巴”的繼承人，則輪流由這兩位法尊擔任。寺廟內一般普通僧人稱“扎巴”、“喇嘛”是對德高望重，學識淵博僧人的專稱。