衛生部：

2000年至2006年，科技教育司等司局委托衛生部所屬單位管理的各種捐贈經費、課題經費等1802.77萬元，未納入部本級統一核算。截至2006年底，尚有結余198.24萬元。

國家郵政局：

多年來，郵政企業使用的勞務工的勞動報酬一直未能納入郵政企業的工資總額基數，而是直接在成本中列支。2006年，全國郵政行業勞務工的勞動報酬直接列入郵政通信成本49.09億元。

南水北調辦：

南水北調辦挪用預算撥款超編制購置汽車和支付出國費共計133.42萬元。

外交部：

外交部下屬北京市世界知識印刷廠國有資產損失89.43萬元。釣魚臺國賓館俱樂部結余收入3358.51萬元未納入會計賬表。

教育部：

在教育部2006年度預算中，年初未落實到具體單位和項目的預算資金59.51億元。

國防科工委：

2006年，國防科工委未據實列支，多計機關辦公樓會議室改造等項目支出421.65萬元。

司法部：

2006年，司法部外交外事支出項目超預算支出445.22萬元。同時，虛列司法業務費支出125萬元。

農業部：

未嚴格履行基建程序安排項目建設資金1.36億元。部分所屬單位擴大財政項目開支范圍支出345.13萬元，轉移財政專項資金251.56萬元。(上海證券報)