主要污染物削減目標考核原則是：以排污總量控制、治污項目進度、環境質量改善為重點，實行逐級考核，考核工作要堅持“三結合”，將地方自查和國家檢查、抽查相結合管理部門考核與專家核準相結合，將年度考核、中期考核和驗收考核相結合，并將結果納入干部政績考核體系。考核結果要堅持“三掛鉤”，與建設項目審批掛鉤，對沒有完成責任書要求的地方，暫停該地區增加相關污染物排放項目的審批；與限期治理掛鉤，對沒有按期完成治理任務的企業，要實行限期治理，治理期間限產限排，對電廠還要全額追繳脫硫優惠資金；與個人獎罰掛鉤，對瞞報、謊報治污情況的單位和個人，要按照有關規定嚴肅處理。對因工作不力沒有按期完成任務的，要按照《環境保護違法違紀處分暫行規定》，嚴肅查處有關責任人。

國家環保總局局長周生賢指出，分解落實主要污染物削減目標，是今年下半年工作的重中之重。要盡快將指標分解落實到市（地）、縣，落實到排污單位，做到目標到位、任務到位、責任到位。在這里，重點強調考核問題。考核是落實目標責任制的重要保障。各級環保部門要充分把握好當前的有利時機，創造性地開展工作。在工作中要有敢為人先的闖勁，要有堅韌不拔的鉆勁，要有百折不撓的韌勁，為“十一五”環保工作開好頭、起好步。

為實現“十一五”規劃確定的主要污染物削減目標，今年5月份，國務院授權環保總局與各省（自治區、直轄市）政府和華能等6家電力集團公司，簽訂了“十一五”二氧化硫總量削減目標責任書。7月份，召開了全國水污染防治電視電話會議，國務院授權環保總局與各省（自治區、直轄市）政府簽訂了“十一五”水污染物總量削減目標責任書。至此，“十一五”規劃中主要污染物削減工作全面啟動。